本作是NDS《真·女神转生 奇幻之旅》的重制版，原作是“真·女神转生”系列的分支作品。原作游戏故事设定在21世纪初，南极出现了能让一切分子崩坏的亚空间。为了对应这一巨大危机，人类派出精英搭乘4艘调查船进入该空间。在那里，人类看到的是本属于神话传说的神魔鬼怪（就是“真·女神转生”系列的设定内容），而人类在这里发现了“恶魔召唤程序”，借此可以召唤使役恶魔，靠着它们的力量，人来在这里逐步展开了调查。 在游戏系统上，本作依然延续系列迷宫探索、恶魔交涉/合体的玩法，RPG式的战斗则围绕“命中敌人弱点→相同阵营的同伴追击”的核心展开。 《真·女神转生 深邃奇幻之旅》拥有极其豪华的声优阵容，包括：樱井孝宏、坂本真绫、潘惠美、子安武人、早见沙织、中村悠一等。本作将追加新结局、新角色，并收录全语音，支持随时存档。