《忍者宝盒》是一款建设类游戏。游戏中玩家将扮演男子小学生「浩人」，在一个名为「铁锤」忍者的帮助下，开始自己“秘密基地”的建造之旅。游戏中玩家需要收集各种资料来进行建造，期间还会有各种忍者敌人来捣乱，需要想办法赶跑他们，同时还有一些友好的忍者 NPC 出现，获得他们的好感度之后会有意外收获。