《皇牌空战2》在玩法上大体继承了初代的特性，僚机系统进行了改进，可雇佣的僚机飞行员减少到两名，指令系统仍然是任务开始前指定，无法进行更改。另一个与飞行员有关的新特性则是“王牌”敌人的出现，在一部分关卡中都会随机或固定出现有独有名称的敌机，拥有更强大的战斗力，击落王牌可以获得勋章一枚，Z.O.E 更是解锁游戏最终结局的关键要素。