《宝可梦大师》的舞台是人工岛“帕希欧”，这里聚集着世界各地的训练师以「世界宝可梦大师赛」的冠军为目标而战斗。每位训练师一次可以和一只宝可梦共同冒险，战斗采用 3V3 的战斗机制，玩家可以通过消耗随着时间而累积的「招式计量槽」来有效率地使出招式，还能与自己的宝可梦使用「拍组招式」，而其他训练师也可以使用特别的招式，包括回复宝可梦体力、提升能力等等。