《地球防卫军6》的故事发生在《地球防卫军5》数年之后的 2027 年，人类人口减至 10%，幸存者们继续和存在着的威胁作着斗争。仍残留着的外星异形生物不断繁衍增殖，人类必须与之战斗，阻止其统治地球。