本作是“银河战士”系列第7部作品，也是首部3D化作品“银河战士 Prime”的直属续作。本作中萨姆斯·阿兰来到了光之族曾居住过的行星“AETHER”，而如今这里已被暗之矿物“Phazon”污染，曾来这里知名的宇宙海盗也仅剩无数尸骸。随着萨姆斯的深入，她发现时空缝隙后的黑暗世界，以及身穿“Phazon盔甲”的黑暗萨姆斯。