本作是“银河战士”系列首部3D化作品，“Prime”一词有着"最初"“极好”和“成熟”之意，本作引入了全新强放射性矿石“Phazon”，萨姆斯·阿兰在探寻被“Phazon”陨石撞击过的星球泰隆IV号时，遭遇了宿敌——宇宙海盗雷德利，此外还有被“Phazon”滋养成熟的“密特罗德Prime”。