来到很早以前的宝可梦世界，制作第一本宝可梦图鉴。

本作是系列的一个全新挑战。玩家可以灵活运用动作与对战来捕捉宝可梦。舞台设置在古代的神奥地区，当时还没有宝可梦训练家和宝可梦联盟的概念，生态环境亦有不同。主角将受博士委托，在木木枭、火球鼠、水水獭中选择一只宝可梦作为最初的伙伴去收集宝可梦图鉴。阿尔宙斯是本作的剧情关键。