青山陵园发生了一场大爆炸导致大量恶魔从魔界涌到现实世界，日本政府为免情况恶化而指派自卫队封锁环状铁路山手线以内的首都地区，还切断电力供应及电讯网络，主角与好友笃郎和柚子因此被困在首都圈内。在遭遇恶魔袭击的危机时刻，主角利用从表哥直哉那里得到的被改造的COMP，与仲魔达成契约从而获得了与恶魔战斗的力量，因此化险为夷，但很快他们就得知，世界的命运将在一周内终结。本作是2009年发售的NDS版《女神异闻录：恶魔幸存者》的移植版，追加了新篇章“第八日”和全程语音等新要素。