本作是2008年3月发售的《口袋妖怪突击队 融合》以来系列的第三款作品，和正统作品中的口袋训练师不同，游戏中的主人公被称为“口袋妖怪守护者”，身负保护自然以及和平的责任。在游戏中玩家要扮演口袋妖怪守护者从守护者联盟那里接受指令，来到一个有着多个遗迹的岛屿展开冒险。