本作讲说的是一代与二代之间的故事，成功干掉阿瑞斯的奎托斯，为寻找儿时失散的弟弟迪莫斯、探究自己的身世之谜，只身前往传说中的海上都市亚特兰蒂斯。玩家不仅可以看到少年时期的奎托斯，就连他的母亲也会出场，虽然是插入式的外传型作品，但也完成了故事的衔接工作。