本作的时间设定在《寄生前夜2》的故事结束10年后，受到自身能力的影响，阿娅的躯体并未老去，但因为一场事故，她失去了过去的全部记忆。作为唯一一名OVER DRIVE系统的适应者，阿娅再一次担负起了拯救全人类的沉重使命。