和前作一样，《皮克敏3》是一款少见的走萌系路线的即时战略游戏，沿袭了前代的主要操作方法，并增加了一些新要素。玩家控制三个外星人队长，在一颗名叫"PNF-404"的星球表面寻找可耕种的水果种子，以拯救他们自己的星球。而萌萌的小生物皮克敏则成为了他们的朋友并帮助他们。