本作的舞台是原创的异世界“アル・ワース”，“交叉”与“未知”是本作副标题命名的依据，游戏系统在前作《超级机器人大战V》系统的基础上做出了改进，让玩家能够更方便地游玩。同时《高达G复国运动》《魔神英雄传》《BUDDY COMPLEX》《BUDDY COMPLEX 完结篇 ―回到那片天空的未来―》《蓝宝石之谜》等作品也成功首次参战《超级机器人大战》系列。