《女神异闻录5S》的故事发生在《女神异闻录5》结局的半年后，在暑假团聚的心之怪盗团成员被卷入了新的事件中，突然出现的红发少女带来了更多的疑问。除了 Joker 之外，玩家还可以操纵除双叶以外心之怪盗团的其他成员，运用他们独特的能力来进行华丽的战斗。