本作为PS2平台的《九龙妖魔学园纪》的重制版，该游戏与《东京魔人学园传奇》系列共用一个世界观。在这作的故事中，主角是一个宝藏猎人，作为转校生出现在学园之中，他结识了学园中的朋友和同行者，向着超古代文明进发，不过在遗迹中有名为“化人”的妖怪徘徊。