在《纸片马力欧：折纸国王》中，马力欧前往城堡参加祭典，却遇到了扬言要将整个世界变成折纸的「奧利王」。于是马力欧和奧利王的妹妹「奥莉维亚」一起四处奔跑，并为了阻止奧利王的野心一同前往碧姬公主城堡。本作加入了全新的「神祇之手」系统，能够一边解谜一边进行游戏，此外还有「拼板×动作」的新系統，一鼓作气打到四面八方袭来的敌人吧。