《轩辕剑贰》的故事接续在《轩辕剑》未完之处。轩辕剑系列许多传统在这一作确立，比如“中国水墨画风”。为强调中国风味，甚至连游戏中的数字也全用中文。本作讲述了主角三人卷入一场事关炼妖壶和世界命运的冒险，肩负起逆转使命的故事。最初设计时并没有明确的时代背景，之后定为夏末至商到西周时期。