由不同历史的平行世界经过大时空震动的融合，新的“多元世界”诞生后20年。拥有2个月球及2个日本列岛的地球，正在神圣布里塔尼亚联合、AEU、人革连三大国家的支配下。但是世界各地的纷争及恐怖活动从未停过，各个地方更出现谜之怪物“次元兽”，威胁人类的安宁。在灾难·诞生的影响下，从恶魔之手中守护了别的多元世界的战士们ZEUTH被召唤到这个世界上。与ZEUTH的成员成为同伴后的ZEXIS战力因此增强，并且准备升起对英佩利姆反击的狼烟了。