《AI：梦境档案 涅槃肇始》的故事发生在前作《AI：梦境档案》数年后，主角变为了新上任的ABIS特别搜查官冲浦瑞希，自律控制型AI机器人瞳绊也转移到了瑞希眼中。本作将围绕一场“半身连续命案”展开，在故事发生的六年前，警方曾发现一具只剩“右半身”的尸体，直至六年后那具下落不明的“左半身”才被找到，然而“左半身”竟丝毫没有腐烂的迹象，让这宗「Half Body 连续命案」变得更加扑朔迷离。