在本作中，玩家需要利用蜘蛛侠的各种技能来战胜敌人，主线剧情将围绕《神奇蜘蛛侠》和《蜘蛛侠2099》两部作品，为了阻止彼得·帕克之死的发生，必须纠正错误的时间流。