本作采用的是NDS上一部作品《塞尔达传说 幻影沙漏》的优化引擎，所以玩过前作的玩家对本作一定不会陌生。本作在画面上的表现已经达到了NDS机能的极限，精美绚丽的卡通渲染让玩家仿佛身处童话的世界，游戏的操作也针对前作进行了细微调整以更适合玩家习惯。游戏的可玩性得到了很好的继承，精妙的机关设计自不必多说，玩法丰富的BOSS战也是游戏的亮点之一。“《塞尔达传说》系列”的游戏系统向来都不复杂，玩家只要掌握手中装备的用法即可展开冒险，游戏考验的就是玩家发挥的想象力以及使用道具解谜的能力，对操作上的要求倒不是很高。游戏全程触控操作，只需要一根触控笔就可以完成所有动作，但如果配合快捷键的运用，可以让你的操作更加迅速与准确。灵魂列车是游戏的最大改变，玩家必须通过操作列车往返世界各地的迷宫与村庄，游戏的分支任务和隐藏要素也大多和火车与铁轨相关。笛子的使用方法则充分显示出了NDS的娱乐功能，对着机身上的麦克风吹出特定的音符便能够起到意想不到的效果，游戏流程中还有很多必须使用笛子开启的灵魂轨道，想要顺利通关，还得具备优良的节奏感。