在《孤岛危机3》中，人类与外星人的战争已经进入到了最终阶段，大反派CELL公司对于外星人技术的研究已经令地球变得面目全非，而对抗CELL的反抗军们不得不转入地下。但是，他们终于找到了最后的希望，那就是被封存起来的强大纳米战士，也就是主角先知，人类也终于迎来了胜利的曙光。在继承了前作纳米服战士两种特殊能力的同时，本作改进了强化系统，变成了收集升级包，让角色强化变得更可控，优化了界面显示和面罩功能，并加入了能够在潜行状态下无损耗射击的狩猎弓，并配置了四种箭头，使得玩家战术更多变，游戏过程也变得更爽快。