本作的故事发生在一个破败而颓废，环境被极度污染的未来，人们生活于荒废的地球与耸立天际的巨大机械城市“巴赛尔”之中。“与命运抗争”是本作的剧情主题，琳贝露、赛法、瓦修隆这三位年轻男女走到了一起，在共同的生活和任务之中，逐渐发现历史上被埋没的秘密——地球环境坏灭的真相、人类生命的秘密、与统治机械之城的教会抗争以及三人各自的黑暗过去等等。