本作是一款对应NDS触控机能玩法的“非正统作品”。在游戏中，玩家要扮演“突击队员”来“指挥”各种口袋妖怪行动。与传统的精灵球捕捉不一样，这次玩家需要用独特的“指挥棒=触控笔”圈住口袋妖怪，成功以后才能够使用它的各种能力。玩法上的创新使得游戏时的感受同角色扮演版的《口袋妖怪》非常不一样。游戏的主题与2006年的《口袋妖怪》剧场版动画相呼应，并可以通过剧场版提供的特定道具与稍候发售传统类型作品《珍珠·钻石》进行联动，以获得神兽“苍海王子玛娜菲”。