本名约翰，1935年出生于美国。原猎狐犬部队的总司令官，“无界之师”、“世外天堂”与桑给巴尔岛军事方面的指导者。狐狸小队时代的行动代号为内克德·斯内克（Naked Snake，裸蛇）。
1950年，15岁的少年约翰在朝鲜战场上与引领者（The Boss）相遇，并成为其弟子。两人相处十年以上，关系已经超越一般的师徒、上下级、母子、恋人，并一起开发了近身格斗术（Close Quarters Combat，简称CQC）。
早年的约翰曾是一名忠诚的美军“绿色贝雷帽”士兵，为国家秘密参与了1954年在比基尼环礁举行的氢弹测试，由于遭受过量核辐射，导致丧失自然生育能力。
1964年8月24日，他出击执行狐狸小队首次实战任务——贞洁行动。在这次行动中，他为了救出前苏联科学家索科洛夫而侵入了当时苏联境内的采利诺亚斯克地区。由于原本单人作战支援的引领者突然投靠苏联而任务失败，自己也被打成重伤。
1964年8月30日，“食蛇者”行动作战开始，行动的目的是清除自己的恩师——引领者。在这次行动中他失去了右眼，但作战却取得了成功，摧毁了核弹发射兵器峡谷虎（Shagohod），击败了GRU的沃尔金上校。而在与引领者的最终决斗后，引领者也自愿死在其枪下。因此，裸蛇被当时的美国总统亲自授予了超越引领者的称号——大首领（Big Boss）。但由于知晓此次事件其实是由美国中情局一手策划，毅然退出狐狸小队。
1970年，退出了狐狸小队的大首领却遭到狐狸小队的绑架被送往圣海洛尼莫半岛。在那里，他与同样被俘虏的绿色贝雷帽成员罗伊·坎贝尔一起成功越狱，结果发现自己已卷入了圣海洛尼莫半岛的政变中。大首领创建了猎狐犬部队（Foxhound），打倒了率领狐狸小队的基恩（Gene）与“完美士兵”努尔（Null），并接手了基恩留下的所有资源。
“圣海罗尼莫半岛事件”后，大统领与山猫、夏娃，以及“食蛇者”行动中的老战友零上校、希金特、空降护理一起，创立了“爱国者”组织。但是1972年，由于对“魔童计划”的不满与愤怒使他彻底与零决裂，并离开了爱国者，作为一介士兵开始游历世界各地。
在越南期间，大首领加入了LRRP（远程侦查巡逻部队），并活跃于SOG（特种行动队）、绿色贝雷帽与野鹅敢死队中。一时间，他成了士兵之间的焦点人物，更成为了一种如神话般的存在。另外，他还在士兵的军事教育以及帮助少年士兵脱离战场回归社会等方面做出了巨大的努力。在战场上，他与过去曾经以“努尔”作为代号的弗兰克·耶格再次相遇后，与弗兰克·耶格所收养的义妹内奥米·亨特一起回到了美国。大首领就是在这个时期让他们两人重新回归社会的。
1972年，大首领在哥伦比亚全歼了和平·米勒带领的游击队，米勒在最后关头试图拉响手榴弹与其同归于尽时被阻止。之后两人共同建立了“无界之师”，并由米勒担任副指挥。
1974年，在调查一支哥斯达黎加神秘部队的过程中，大首领解决了“和平行者”事件，将世界从又一场核危机中拯救出来，并在此过程中使“无界之师”得到壮大。
1975年，为营救帕兹，大统领潜入欧米伽营地（Camp Omega），回程途中发现无界之师母基地被骷髅脸率领的XOF部队袭击，无界之师被毁。由于被帕兹体内的炸弹波及，受到重伤。
1984年，大首领的替身毒蛇（Venom Snake）从昏迷中醒来后，大首领乔装成以实玛利（Ishmael）协助毒蛇逃出塞浦路斯的医院。在毒蛇创建“钻石狗”部队的同时，大首领为了创造出“能够让战士们获得生存价值的世界”，在非洲建立了佣兵派遣公司“世外天堂”。对他的理念产生共鸣的士兵们从世界各地集结而来。20世纪90年代，大首领回归美国，就任猎狐犬部队首任总司令官一职。
1995年，大首领针对“世外天堂”的起义发动了“N313侵扰行动”，并命令猎狐犬出动。然而被派去的“灰狐”却在“世外天堂”断绝了消息。大首领接着又派出了猎狐犬的新人队员索利德·斯内克，命令他救出灰狐以及破坏Metal Gear。由于索利德·斯内克的出色表现，发现“世外天堂”的首领正是大首领本人。行动最后，索利德·斯内克以为自己击败了大首领，但那其实并不是大首领本人，而是他的替身毒蛇。
1999年桑给巴尔岛发生叛乱后，代替大首领成为猎狐犬部队总司令的罗伊·坎贝尔发动了“F014侵扰行动”，再次派出索利德·斯内克前往桑给巴尔岛。而桑给巴尔岛的军事总指挥是真正的大首领，但他也最终败给了索利德·斯内克，以被烧死而告终。
然而，大首领并没有完全死去。“爱国者”通过纳米计算机让大首领处于脑死但肉体存活的状态，并将它的存在与身体全都隐藏了起来。大首领的遗传因子代码则作为“爱国者之子”的ID认证系统，成为了关闭“爱国者”AI网络的钥匙。可是，一直期盼着大首领能够复活的山猫、夏娃以及内奥米·亨特实行了大首领复活计划。在“爱国者”中枢AI“J.D.”被关闭后，苏醒过来的大首领在引领者墓前关闭了零的生命维持系统，结束了两人长达近半个世纪的斗争。
大首领由于感染了“死狐病毒”，在享受完人生最后一根雪茄后，在自己的克隆体索利德·斯内克怀中结束了传奇的一生。
正如大首领自己所说，他在杀死引领者后“就已经死了”，之后所做的一切都是为了让士兵不再成为政治家手中的棋子，避免引领者的悲剧重新上演。在生命的最后时刻，发现一直不被自己所承认的克隆体索利德·斯内克身上，继承了引领者真正的意志，即使他对引领者一无所知。这成为了这位传奇战士最后的安慰。
本名大卫。在作为美国特种部队猎狐犬的队员时，曾数次破坏以移动核打击为目的所研发出来的超级兵器“合金装备（Metal Gear）”，因此被人们称为“传说中的英雄”。
索利德·斯内克是“魔童计划”的产物之一，是大首领的克隆体，这个计划的目的是为了复制像大首领那样的超级士兵。
在绿色贝雷帽时期，他就作为一名高空跳伞、潜水、自由攀爬专家而为人所熟知。20世纪90年代，他作为一名新人加入了大首领组建的特种部队猎狐犬，并获得索利德·斯内克（Solid Snake，固蛇）这个代号。
1995年世外天堂叛乱期间的“N313侵扰行动”中，在先行潜入的猎狐犬士兵灰狐的协助下，他救出了彼得洛维奇·马德纳博士，并成功破坏了Metal Gear TX-55，也阻止了身为猎狐犬指挥官同时也是叛乱主谋的大首领的野心，但是他并不知道，他面对的大首领只是一个替身，一个幻影。
1999年的桑给巴尔叛乱中的“F014侵扰行动”，索利德·斯内克破坏了曾经的战友灰狐所驾驶的Metal Gear D，并击败了真正的大首领。
“F014侵扰行动”结束之后，索利德离开了猎狐犬。他之后成为了美国中情局的特殊工作人员，不过半年后再次隐退。在中情局的监视之下，隐居于阿拉斯加。
2005年的“影子摩西岛事件”中，索利德·斯内克作为最了解猎狐犬部队的人物，而再次被美军召回。
发动叛乱的是与他同样是“魔童计划”产物的人工克隆体利奎德·斯内克，他要求美国政府交出大首领的遗体。索利德·斯内克受命前去影子摩西岛确认对方是否拥有核发射能力，以及救出成为人质的阿姆斯军工总裁肯尼斯·贝克与美国国防部先进研究项目局（DARPA）局长唐纳德·安德森。
索利德·斯内克只身潜入影子摩西岛的核废弃设施中，并在Metal Gear开发者哈尔·艾默里克与不赞同叛乱而被监禁的猎狐犬新兵梅丽尔的协助之下确认了搭载核武器的双足步行战车Metal Gear霸王的相关信息。后来又得到已经被改造为机械忍者的灰狐的帮助，索利德·斯内克成功破坏Metal Gear霸王，而叛乱主谋利奎德·斯内克也因为感染索利德·斯内克所携带的“死狐病毒”而死亡。
这场作战行动实际上是五角大楼方面所策划的一场阴谋。在中情局的指示下，遗传工程学研究专家内奥米·亨特暗中将“死狐病毒”注射进索利德·斯内克体内，从而暗杀所有索利德·斯内克接触的Metal Gear知情人以及猎狐犬成员。但是，身为“死狐病毒”的携带者，索利德·斯内克在事件后消失，再也没有在官方记录的行动中出现过。
影子摩西岛事件之后，索利德·斯内克与哈尔·艾默里克一起创建了反Metal Gear组织“慈善事业”。由于山猫泄漏机密，导致Metal Gear在世界范围内大面积扩散，而“慈善事业”组织的目的就是根除这一技术。他们在得到Metal Gear亚种的情报之后将其对媒体公开，然后要求对方中止开发活动。
2007年，慈善事业获得情报，美国海军正在使用油轮运送最先进的反Metal Gear兵器——海魔鬼（Metal Gear Ray）。在哈德森河之上，索利德·斯内克从大桥一跃而下，潜入油轮内部进行拍摄，却反而陷入山猫的陷阱，油轮沉没，海魔鬼被山猫抢走。同时，有传闻称需要对这起沉船事件负责的索利德·斯内克（实为被诬陷）在此次事件中身亡。
两年后，索利德·斯内克化身海豹突击队小队一员：易洛魁·普里斯金（Iroquois Pliskin）出现在巨壳中，以协助雷电破坏玄武（Metal Gear Arsenal）中的AI——G.W.。
在成功粉碎索利达斯·斯内克的阴谋后，他决定全力营救奥尔加的孩子。但由于作为人造生命体，索利德·斯内克在染色体以及遗传因子的改良下寿命早已被设定好，因此身体快速老化，只好放弃与雷电一同营救奥尔加女儿的行动，转而为了彻底查明“爱国者”的真实身份而开始进行调查。
2014年，受到老战友罗伊·坎贝尔的邀请，前往中东暗杀世界最大私人军企领导人利奎德·斯内克（其实就是疑似被利奎德意识同化的左轮山猫）。但由于所有在场士兵体内的纳米机器被干扰，刺杀失败。
在左轮利用大首领的基因控制了“爱国者之子”系统，并获得Metal Gear霸王上的核弹头后，山猫企图毁灭爱国者的中枢AI：J.D.，并利用巨壳事件中回收的G.W.代替J.D.，从而达到控制全世界的目的。索利德·斯内克在所有战友的帮助下，登上山猫的海上基地“世外天堂”，并成功将“活狐病毒”上传至G.W.，并通过G.W.摧毁了所有爱国者的AI，解放了全世界。
“爱国者之枪”事件后，索利德·斯内克来到引领者墓前，与苏醒的大首领相遇。在被大首领劝诫以一个自由人的身份来走完所剩不多的生命后，见证了大首领传奇一生的终结。
索利德·斯内克虽然与引领者素未谋面也并不知道她的事迹，但却继承了她的意志。同时也没有像他的克隆兄弟们一样，为了个人而战，而是为了守护他爱的人，守护更多人而战。虽然他从出生就是人为的产物，并数次被他人利用与控制，但最后成功从“爱国者”手中解放了全人类。
美国人，1922年出生，某个“哲学家”组织高级成员的女儿。眼镜蛇部队的创始人，被称为“特种部队之母”的传奇英雄。在眼镜蛇部队中被称为“愉悦者（The Joy）”，在东方阵营被称为“统帅（Voyevoda）”。
二战期间，创建眼镜蛇部队，为盟军立下赫赫战功。1944年，眼镜蛇部队参加了诺曼底登陆战，并完成了V2导弹发射基地的搜索与破坏任务。引领者在战场上产下一名男婴，但被哲学家组织带走。在之后的20年时间里，这对母子都没能相见。
眼镜蛇部队在二战结束后解散，她的代号也随之改为“引领者（The Boss）”。随后她参与了朝鲜战争以及美军多个秘密项目。
引领者在朝鲜战场上与日后的“大统领”内克德·斯内克相遇，并将其作为弟子培养了十多年。
1951年11月1日，引领者参加了内华达州沙漠中进行的核试验，暴露于过量核辐射中失去自然生育能力。
1960年，她参加了“水星计划”，根据美国政府的指示，她被选为非官方的宇宙飞行实验体。由于当时的宇宙放射线遮蔽技术还不成熟，宇航员无法避免地要被宇宙射线辐射，因此才会选择已经在内华达受到原子弹辐射的引领者。1961年4月12日，引领者成为非官方记载的美国第一个进入宇宙的人。她从广阔的宇宙中遥望地球，梦想着能够实现世界大同。
1962年，在某次受哲学家所安排的任务中，引领者不得不杀死自己曾经的战友与爱人“悲哀者（The Sorrow）”。
1964年，8月24日，引领者参加了由零少校担任指挥官的“贞洁行动”，与狐狸部队成员的内克德·斯内克重逢。在行动中，引领者突然宣布流亡苏联，并重新召集原眼镜蛇部队成员，以美军研制的微型核弹头作为见面礼投靠苏联GRU的沃尔金上校。由于沃尔金上校用微型核弹头摧毁了秘密设计局OKB-754，引起美苏两国局势紧张，引领者开始被东西方各国所通缉。
然而引领者参加“贞洁行动”的真相，是为了获得沃尔金手中的“哲学家遗产”，美国中情局让引领者佯装叛变以接近沃尔金。
为了证明自己与此事无关，美国发动了“食蛇者”行动来清除引领者。同时，引领者也得到了记录沃尔金上校保管的“哲学家遗产”所在地点的微型胶片，并在与内克德·斯内克最后的战斗后将胶片交到他手中。随后引领者自愿死在其手中，完成了自己最后的任务。
引领者为了美国政府，随时都做好了牺牲自我的准备，但这名真正的爱国者，却在死后不得不背负叛国的骂名。引领者在宇宙中目睹了没有国界、没有“铁幕”的地球，还为和平事业付出无数的牺牲，但她的遗愿“世界大同”却成为了日后无数争斗的起源。
本名大卫·欧（David Oh），原狐狸小队的创立者、司令官。英国人，曾与引领者一起在英国特种空勤团（SAS）效力过。
他有效利用自己在SAS积攒下的经验，向美国中情局提出组建一支在特种部队基础上添加谍报要素的秘密任务部队的提案，以应对冷战时代的新需要。为了证明这一提案的必要性，1964年他组织进行了“贞洁行动”。但是由于引领者的变节，行动失败。
一周后的“食蛇者行动”同样由零指挥，斯内克，也是日后的大首领成功完成任务，破坏峡谷虎，除掉了引领者，还获得了记载有“哲学家遗产”下落的微型胶卷。
随着零的权力越来越大，其在中情局内部的影响力也在逐渐扩大。1970年，他与基恩（Gene）共同策划了圣海洛莫尼半岛的Metal Gear抢夺事件，但由于基恩的失控与大首领的反击，作战宣告失败。
失去了基恩的零，将大首领作为领袖与象征，并与希金特、空降护理、大首领、左轮山猫、夏娃一起，用手中的“哲学家遗产”组建了“爱国者”组织。他自称自己继承了引领者的意志，企图通过情报的控制来达到“世界大同”。
1972年，零主导的“魔童计划”虽然成功制造出三个大首领的克隆体，但是也因此与大首领彻底决裂。1974年，了解到寇尔德曼（Coldman）在哥斯达黎加的“和平行者”计划，安插三重间谍帕兹，并联系米勒以协助扩张无界之师。零希望通过使用Metal Gear ZEKE向美国东海岸发射核弹来威胁大首领回归，但遭到拒绝，并且计划也随之破灭。
之后，零开始了隐居并退居幕后。在遭到骷髅脸的暗算后，委托奇爱博士（Dr. Strangelove）开发“爱国者”AI系统，之后逐渐将“爱国者”的控制依赖于AI。
并且出于XOF部队摧毁无界之师，并造成大首领重伤的愧疚，也为了保护大首领的安全， 零将大首领转移到塞浦路斯的一家医院，并将大首领身边的军医整容为大首领的外貌，同时委托山猫暗中保护大首领的安全。
进入21世纪后，零把爱国者资金的运用托付给了中枢AI“J.D.”，而他自己也只能靠生命维持装置来苟延残喘。在“爱国者之枪”事件后，苏醒过来的大首领在引领者墓前切断了零的生命维持装置，终结了他的生命，为两人长达半个世纪的斗争划上句号。
零自称继承了引领者的意志，企图通过信息控制来实现“世界大同”，然而其实是限制人类的独立与自由，自己来支配世界。对引领者遗愿的曲解，也导致了零与大首领长达将近半个世纪的斗争。
本名亚当，引领者与眼镜蛇部队成员悲哀者（The Sorrow）的儿子。在阿富汗游击队之间被称为沙拉沙斯卡（Shalashaska）。原苏联GRU特殊部队少校，原猎狐犬部队成员，代号左轮山猫。而他在这些组织中，都是作为双重、三重间谍暗中活跃。
山猫在战场上一出生就被“哲学家”组织带走，并受到“哲学家”培养。进入20世纪60年代之后，亚当作为苏联部队的精英成为了一名年轻的少校，并就任GRU特殊任命部队精英小队“山猫部队”队长。
1964年，山猫与潜入苏联的内克德·斯内克（Naked Snake）对决，由于半自动手枪（马卡洛夫）卡壳而落败。听从了斯内克的建议，他改为使用不会发生卡壳的左轮手枪，并且由于西部电影的影响，山猫开始尝试华丽的甩枪表演以及利用反弹子弹完成间接射击，甚至可以犹如杂耍一般操控三支左轮手枪，而这都仅仅出于他所追求的独特美学。另外，他还被沃尔金（Volgin）上校的残忍拷问手段所吸引，开始痴迷于拷问技巧本身。
而这段期间他与GRU的沃尔金上校一同行动的目的，是因为他其实是GRU对立的克格勃（KGB）的间谍，将GRU的行动逐一报告给上级部门，并利用美国间谍（内克德·斯内克），试图让其破坏格罗兹尼格勒基地。
与此同时，山猫作为美国中情局的间谍，还有着确保沃尔金上校所管理的“哲学家遗产”为中情局所获得的任务。
“食蛇者”行动后，山猫与狐狸部队司令官零联手。1970年，协助零获得部分“哲学家遗产”，并与零、大首领、夏娃等人共同创建“爱国者”组织。1972年，在大首领与零决裂后，山猫一边假意听从零的指挥，一边偷偷为大首领工作。
1975年骷髅脸率领XOF部队摧毁无界之师母基地后，山猫接受零的委托保护大首领的安全。1984年大首领的替身毒蛇（Venom Snake）苏醒后，山猫帮助毒蛇逃出塞浦路斯的医院，并在随后协助毒蛇与米勒建立并壮大“钻石狗”部队。
在1999年的桑给巴尔叛乱后，山猫加入了猎狐犬部队，并唆使利奎德·斯内克发动了“影子摩西岛事件”。
在2005年的“影子摩西岛事件”中，山猫与俄罗斯的谢尔盖·格鲁科维奇上校的雇佣兵部队联合，将复兴苏联的计划传达给索利德·斯内克。在“影子摩西岛事件”中，由于被已改造成机械忍者的灰狐袭击，山猫失去了惯用的右手，后移植了利奎德·斯内克的手臂。
此次事件中山猫真实身份是美国乔治·西尔斯总统（即索利达斯·斯内克）的间谍，真正的目的是获取新型Metal Gear以及新型核弹头的演习数据，并交给乔治·西尔斯总统。
在“影子摩西岛事件”之后，山猫将得到的Metal Gear演习数据流入黑市中，使得Metal Gear亚种在世界范围内扩散。
2007年，山猫与谢尔盖•格鲁科维奇所率领的雇佣军一起将美国海军陆战队新型Metal Gear海魔鬼抢走。山猫背叛了科鲁科维奇上校，独自驾驶海魔鬼消失在海底。
2009年的“巨壳事件”中，山猫将夺来的海魔鬼交给索利达斯•斯内克之后，参与了“巨壳事件”。而他表面上背叛“爱国者”实际上并不是真正要协助索利达斯•斯内克，而是收集爱国者为了实现S3计划而进行的此次演习相关数据。在索利达斯•斯内克启动玄武准备与“爱国者”作最后抵抗时，山猫驾驶海魔鬼消失在大海中。
之后，山猫通过药物与自我暗示，使自己的精神变成了利奎德•斯内克，化身为“利奎德•山猫”，目的是为了让被“爱国者”的AI群组强制性保持在昏迷状态的大首领觉醒，并彻底调查零的所在。为了不让中枢AI“J.D.”领悟到他的真实意图，才会利用利奎德•斯内克的人格掩人耳目。
在成功使用大首领的遗传因子代码骗过了AI网络后，山猫成功夺取了“爱国者之子”系统，将其改名为“爱国者之枪”，并用它停止了全世界武器的使用，并更进一步从“爱国者”那里夺取了“玄武”，还配备了Metal Gear的电磁轨道炮，想借此发射核弹，破坏“爱国者”卫星轨道上的中枢AI“J.D.”。
在J.D.从内部被破坏后，作为“利奎德•山猫”的使命便结束了。最后在与索利德•斯内克的决斗中，左轮山猫死于“死狐病毒”的发作。
本名杰克，是通过VR训练培养出来的次世代特种部队队员。
雷电不存在于美国国家安全局、中央情报局、联邦调查局的任何一个档案中，是一个没有过去的少年士兵。
20世纪80年代，利比里亚内战期间，幼年的杰克在索利达斯·斯内克手下，作为杀人机器参加了多场实战，被人称为“白色恶魔”、“开膛手杰克”。他从六岁时就开始拿枪，十岁时担任了“小男孩部队”的小队长，可以说是一名天才战士。但雷电一直想要忘掉这些过去，就算对自己的恋人罗斯也从未提起过。
利比里亚内战结束后，杰克与其他“小男孩部队”成员被送往美国，而杰克被“爱国者”看中，被用来作为实验对象。
2009年，作为一名只在美国陆军的实验部队21军团接受过VR训练的新兵，他单独潜入了名为“自由之子”的恐怖分子所占据的“巨壳”。刚开始的时候他的代号是“斯内克”，但由于恐怖分子的主谋也名为“斯内克”，于是将代号临时改为了“雷电”。
潜入作战的目的是救出被挟为人质的詹姆斯·约翰逊总统，并解除恐怖分子的武装。雷电身穿骷髅装，在罗斯玛丽与罗伊·坎贝尔的后方支援下，展开了作战行动。
雷电实质上是被爱国者AI“G.W.”所准备的计划给操纵了。“以影子摩西岛事件为原型，为创造历史上最强的士兵而进行的演习”=“模拟索利德·斯内克（Solid Snake Simulation=S3计划）”。雷电从此次事件主谋索利达斯口中得知，自己其实是作为最强士兵索利德·斯内克的仿造品，在这次作战中体验了一次与“影子摩西岛事件”相同的过程而已。
然而，“爱国者”真正的“S3计划”却并不是“模拟索利德·斯内克（Solid Snake Simulation）”。而是“爱国者”以“民智选择（Selection for Societal Sanity）”为目标的系统，这是一个为实现通过情报管控来控制人类意志而诞生的系统。为了证实它的有效性，雷电被选中成为了这个计划的最终实验对象。
之所以要用“影子摩西岛事件”作为设计主题，是因为那时是一种极限状态。也就是说，为了测试“S3”的界限，再现“影子摩西岛事件”时的状况，进而确认在这种状况下G.W是否能够发挥出它的作用。
当索利达斯·斯内克所占据的“玄武”登陆曼哈顿时，“爱国者”的AI在雷电脑内生成的AI上校与罗斯将真相告诉了他。雷电在被索利达斯·斯内克利用的同时，也被“爱国者”利用了。
最后，雷电以自己的意志与真正的索利德·斯内克一起向索利达斯·斯内克展开反击，并在最后的决斗中击败索利达斯·斯内克，取得胜利。
“巨壳事件”后，为了救出奥尔加的孩子，从“爱国者”的控制中解放出来的雷电与“爱国者”展开了新的战斗。
与此同时，雷电与罗斯玛丽开始了同居生活。但少年时代的记忆所带来的痛苦，让雷电只能选择离开罗斯玛丽。
在反抗爱国者组织“失乐园战士”的帮助下，雷电成功救出了奥尔加的女儿阳阳。
但在听到罗斯玛丽流产以及她与罗伊·坎贝尔结婚的消息后，雷电陷入了自暴自弃。他将阳阳托付给哈尔·艾默里克和索利德·斯内克后，为帮助“失乐园战士”从爱国者手中取回大首领的遗体而再次出动，但被“爱国者”抓获。此后雷电再次被“爱国者”作为实验对象，强制进行了强化骨骼的植入手术。
雷电在“失乐园战士”的引导下，成功逃脱了出来。接受了全身纳米计算机拆除手术的雷电，成功取回了大首领的遗体。但全身被埋入强化骨骼的他已经无法再像一个普通人类一样生活下去，因此雷电从罗斯玛丽的生活中彻底消失了。
此后，雷电开始浪迹天涯，在阿拉斯加，从当地土著长老那里学习侦查技术。
2014年，在接到“失乐园战士”首领“老妈（Big Mama）”发来的“帮助索利德·斯内克，并指引他到‘失乐园战士’所在地”的指示后，雷电再次展开了行动。在“爱国者之枪”事件中，雷电多次协助索利德·斯内克，使索利德·斯内克最终成功破坏“爱国者”的AI系统。
“爱国者之枪事件”后，雷电与罗斯玛丽以及自己的儿子重逢。其实罗斯玛丽当初并没有流产，而罗伊·坎贝尔也是为了保护母子二人而假装与罗斯玛丽结婚。
雷电在残酷的命运中漫无目的地战斗，但最终在不断地战斗中找到了战斗的意义。虽然身体已异于常人，但最后仍与自己所爱之人团聚，开始了新的生活与战斗。
本名伊莱。猎狐犬部队原指挥官，“影子摩西岛事件”主谋。
1972年，利奎德·斯内克基于“魔童计划”诞生，是大首领的克隆体，也是索利德·斯内克的人工孪生兄弟。1976年“魔童计划”被取消，伊莱被带到英国。
1984年，伊莱来到安哥拉，并成为当地少年兵的首领“白曼巴”，随后被大首领的替身毒蛇（Venom Snake）制服，被带到“钻石狗”部队的母基地中。之后在少年“心理螳螂”的协助下，带着Metal Gear类人猿与少年士兵离开钻石狗，并继续秉承着向“父亲”大首领复仇的欲望。
利奎德十来岁的时候从军参加了海湾战争，作为英国情报局秘密情报部的卧底潜伏于中东。曾在伊拉克被俘虏过，一度失去联系。后来被分配到了索利德·斯内克脱离后的猎狐犬部队。
2005年，利奎德·斯内克率领猎狐犬部队和次世代特种部队占领了影子摩西岛。他夺取了搭载核武器的双足步行战车Metal Gear霸王，并威胁美国政府交出大首领遗体。他计划在得到大首领的遗体后，首先通过基因治疗手段治好基因士兵的怪病，然后将大首领曾经建立的“世外天堂”在影子摩西岛上重现。
美军派出了他的克隆孪生兄弟索利德·斯内克去阻止他的野心。但利奎德反过来利用了索利德，让他在不知情的情况下解除了核发射的安全控制系统。可是，启动后的Metal Gear霸王被索利德·斯内克与机械忍者灰狐破坏，利奎德也最终因为索利德携带的“死狐病毒”而死亡。
在“影子摩西岛事件”中失去右臂后，山猫移植了利奎德的右臂。而2007年，在曼哈顿近海发生的油轮沉没事件中，哈尔·艾默里克将利奎德·斯内克的遗体伪装成了索利德·斯内克。在此之后，为了填补大首领身体损伤的部分，利奎德的部分遗体还被移植到了大首领的身体中。
利奎德终其一身都诅咒自己的出生，但同时又将基因所决定的命运作为行动的准则。他诞生于基因控制，又死于基因控制。
第43任美国总统乔治·西尔斯。他是第三个“斯内克”，是遗传因子与大首领完全一致的纯粹克隆体。
20世纪80年代参加利比里亚内战的索利达斯·斯内克，将那些被卷入战争的孩子聚集到一起，传授给他们战斗技术，然后将他们送上战场。年幼的雷电就是其中之一。
他在总统任期之内，接受“爱国者”的命令，在暗中利用左轮山猫煽动了“影子摩西岛事件”。2005年，由于“影子摩西岛事件”丑闻曝光，索利达斯不得不卸任总统一职，也因此对可以操控总统的“爱国者”抱有敌意。
之后，他得知了被伪装成海上净化设施“巨壳”的玄武的存在。2009年，为了抢夺玄武，他派出了总统直属的反恐部队“死亡细胞”，将前来视察的美国总统詹姆斯·约翰逊绑为人质，占领了巨壳。他以“自由之子”的名义，要求美国支付赎金300亿美元。
高举反叛“爱国者”大旗的索利达斯·斯内克之所以想要夺取玄武，其目的就是要得到玄武的中枢AI“G.W.”。G.W.是进行世界规模的情报控制的超大型情报处理系统。索利达斯·斯内克认定其中也记录了“爱国者”的真正身份。
但是，由于雷电启动了艾玛所研制的蠕虫病毒，G.W.受到损伤，导致索利达斯无法获得相关情报。他计划在纽约上空引爆玄武所搭载的纯粹氢弹，以此来破坏所有电子仪器，停止华尔街的运作，从而引发世界范围的恐慌。他还要切断数字信息的束缚，在曼哈顿建立起“解放区（世外天堂）”。
在得知左轮山猫是“爱国者”的间谍，雷电也受到“爱国者”操控的这一事实之后。索利达斯·斯内克走投无路之下驾驶玄武在联邦国家纪念堂登陆，决心要向“爱国者”报仇。而且由于失去了G.W.，索利达斯转而将目标放在雷电身上。他相信雷电大脑皮层内的纳米计算机中应该存有关于“爱国者”的线索。但之后在与雷电的最后一战中落败身亡。
索利达斯的遗体被“爱国者”回收，之后辗转落入夏娃与“失落园战士”手中。其器官被用在大首领的移植手术中，头部与身体部分则被伪装成大首领的遗体。2014年“爱国者之枪”发动时，索利达斯的遗体被焚毁。
1936年出生，自幼在引领者任教的“魅力学校“作为间谍接受训练。
1964年在“食蛇者行动”中，她暗中替换了苏联克格勃派遣的真夏娃，协助内克德·斯内克，为他提供情报，以伺机夺取“峡谷虎”的开发资料与沃尔金手中的“哲学家遗产”。她为内克德·斯内克的潜入任务提供帮助，并一起摧毁了“峡谷虎”，击败沃尔金。
夏娃在这个过程中了解到了引领者的真正目的与事件真相，并将其作为任务报告全都告诉了内克德·斯内克。
夏娃获得了引领者回收的记录有“哲学家遗产”所在地的微型胶片，并带回了自己所服务的国家。但由于胶片是假的，她被该国政府追捕，20世纪70年代逃亡到越南河内后，就此失去消息。
之后，夏娃与脱离了狐狸小队的大首领在河内重逢，并成为了“爱国者”组织的一员。1972年，在制造大首领克隆人的实验“魔童计划”中，夏娃作为代孕母亲产下了一对人工孪生子，即索利德·斯内克与利奎德·斯内克。
在大首领愤然脱离“爱国者”之后，夏娃也与大首领产生了共鸣，开始一边与“爱国者”打交道一边暗中为了大首领而行动。
后来夏娃逃亡到东欧，成为了反爱国者抵抗组织“失乐园战士”的首领。自称为“老妈（Big Mama）”的她收养了许多战争孤儿，为阻止零与根绝战争经济而持续进行着抵抗活动。
在2014年的“爱国者之枪”事件中，EVA被认为由于车祸以及着火所造成的创伤死亡，但其实真实死因是由于感染了索利德·斯内克所携带的新型“死狐病毒”。
夏娃曾说过“不会离开自己的摩托车，除非是结婚或死了”。虽然曾以谎言利用过大首领，但夏娃又同时真爱着大首领，但两人都明白自己的身份与命运无法长久在一起。她为大首领付出了一切，骑着摩托车战斗至最后一刻，实现了自己的诺言。
原阿姆斯军工的研究员，Metal Gear开发计划的组长。他与索利德·斯内克一起创建反Metal Gear机构“慈善事业”后，又投身于针对“爱国者”的抵抗活动中。
昵称为“奥塔肯”的他喜欢日本动画片，而且是在美国举办的动画活动“御宅族（OTAKU）”交流大会的常客，因此自称“奥塔肯（Otacon）”。
艾默里克家族世世代代都与核武器的开发历史联系在一起。
哈尔的祖父参与了开发原子弹的“曼哈顿计划”，而且在20世纪60年代从苏联研究员格兰宁那里得到了搭载核武器的双足步行战车Metal Gear的设计原案。
哈尔的父亲休伊·艾默里克出生于美国在广岛投下原子弹的1945年8月6日，并在1974年的“和平行者事件”中结识大首领，加入“无界之师”。在这一过程中，休伊认识了奇爱博士（Dr. Strangelove），两人的结晶哈尔于1980年出生。
其父后来再婚，结婚对象的女儿艾玛·艾默里克成了他的继女。由于发现哈尔与自己再婚的妻子有染，休伊打算带着艾玛一同投湖自杀。虽然幸运的艾玛保住了性命，不过哈尔的父亲却溺水身亡。
哈尔由于与家人不和而离家出走，通过互联网自学而考上了麻省理工学院，年纪轻轻便被授予博士头衔。此外，他还在普林斯顿大学获得了学士和硕士学位。
学生时代，他就被美国联邦调查局招致旗下，进入了工程学研究技术开发研究所，但却因为入侵机密数据库而被开除，之后加入阿姆斯军工。在阿姆斯军工，他开始着手进行隐形迷彩等技术的研究，后来这项技术被美国陆军正式采用。接下来，他投入所有精力所进行的项目就是“Metal Gear”计划，由于哈尔是一名日本机器人动画爱好者，所以梦想着能够在现实中完成双足步行机器人的开发。
这项计划是由美国国防部先进研究项目局出资进行的秘密计划。哈尔·艾默里克相信Metal Gear将会被开发成一个可以移动的战略导弹防御系统。
2005年，在影子摩西岛事件中，哈尔·艾默里克与索利德·斯内克相遇。被留在利奎德·斯内克所占领的基地中的他，由于害怕失控的机械忍者，于是躲藏在研究室中。对于打倒了机械忍者的索利德·斯内克，他曾问道“你也是御宅族吗？”
索利德·斯内克将Metal Gear搭载核武器的一事告诉了他，为了维护和平而开发机器人的哈尔·艾默里克一下子受到了强烈的打击，于是决定协助斯内克破坏Metal Gear霸王。他穿上隐形迷彩，开始在暗中支援索利德·斯内克。
在影子摩西岛上，他爱上了猎狐犬的成员狙击雪狼，那个通过悉心照顾狼狗治愈了自己孤独性格的女人。狙击雪狼不顾哈尔·艾默里克的劝阻，选择了与索利德·斯内克一战，并最终战败身亡。而哈尔则失去了爱情和梦想，离开了影子摩西岛。
此后，哈尔·艾默里克与索利德·斯内克一起创建了反Metal Gear组织“慈善事业”。2007年，在收到一份署名为“EE”的人发来的电子邮件后，哈尔侵入五角大楼的系统并获得了海军正在利用一艘伪装的油轮运送最新兵器 Metal Gear海魔鬼的情报。
为了揭露这一事件，索利德·斯内克潜入油轮，打算拍摄Metal Gear海魔鬼的照片，并将其公布在互联网上。但是最终油轮沉没海底，Metal Gear海魔鬼被左轮山猫夺走。虽然哈尔·艾默里克救出了索利德·斯内克，但是“慈善事业”和索利德·斯内克却被认为是此次事件的罪魁祸首。成为油轮沉没事件嫌疑人的“慈善事业”无奈之下只能转入地下活动。
2009年，索利德·斯内克化名易洛魁·普利斯金，只身潜入海洋净化设施“巨壳”。而哈尔·艾默里克却在那里遇到了自己妹妹艾玛·艾默里克。艾玛·艾默里克一直都憎恨着自己的哥哥哈尔·艾默里克。哈尔在六岁的艾玛和自己父亲溺水时没有伸出救援之手，艾玛则对此一直耿耿于怀。艾玛的这份憎恨实际上是对哈尔爱慕之情的负面表现。
被梵普刺伤的艾玛在奄奄一息之时将自己的这份感情告诉给哈尔，但是哈尔却没能接受这份感情。在父亲与艾玛溺水事件发生时，他正与艾玛的母亲处于云雨中。对没能抵抗诱惑的自己以及死去的艾玛，哈尔抱有一种沉重的罪孽意识。
2009年，“巨壳占领事件”之后，“慈善事业”停止了所有活动。哈尔·艾默里克与斯内克一起将活动的重心转移到反对“爱国者”上。
之后，雷电单枪匹马从爱国者手中救出了奥尔加的女儿阳阳，而收留了阳阳的哈尔·艾默里克将编程技术、黑客技术都传授给她。两人共同开发了诸如远程遥控终端Metal Gear Mk.ll、拟态型章鱼迷彩和多功能护目镜固体眼（Solid Eye）等装备，并成功协助斯内克在2014年的“爱国者之枪事件”中的行动。
罗伊·坎贝尔早年分别在美国海军陆战队、绿色贝雷帽、三角洲特种部队服役过。1970年，在绿色贝雷帽时代，他曾被派往哥伦比亚沿岸的圣海洛尼莫半岛，在那里他与大首领首次相遇。在“圣海洛尼莫半岛事件”中，坎贝尔应用自己的心理学知识对苏联士兵进行劝导，并与大首领一起，开始反抗狐狸部队。
在狐狸部队被镇压后，罗伊坎贝尔加入猎狐犬部队，并以在实战中出色的战略策划能力而就任副司令官。
1995年“世外天堂起义”后，大首领被除名，罗伊·坎贝尔升任为猎狐犬部队总司令，并于1999年“桑给巴尔岛叛乱”中指挥了“F014侵扰行动”。
2005年“影子摩西岛事件”发生时，已经退休的坎贝尔临时复出，指挥索利德·斯内克并为他提供支援。他复出的理由，是美国中情局以影子摩西岛上猎狐犬部队新兵梅丽尔的人身安全为筹码，迫使坎贝尔参加了这次作战。梅丽尔虽然表面上是坎贝尔的侄女，但其实是坎贝尔与自己的弟妹所生的孩子。
“影子摩西岛事件”之后，罗伊·坎贝尔进入联合国安保辅助机关，从事私人军企相关活动的监管、检查，与难民保护活动等工作。在得知利奎德·山猫的“爱国者之枪”计划后，他认为事态严重，需要防患于未然。于是他向老战友索利德·斯内克提出了暗杀利奎德·山猫的请求，并在整个“爱国者之枪”事件中在后方为索利德·斯内克与他的战友们提供支援。
无界之师、钻石狗部队副指挥，猎狐犬部队野外生存技能教官，也被称为麦克唐纳·本尼迪克特·米勒。
1946年出生在日本，是一名驻日美军军官与日本女性的孩子，在其出生前生父就已返回美国。从小由于自己混血儿的身份以及外貌上的不同，而经常受到同龄孩子的嘲笑。之后其只身前往美国寻找生父，并在其资助下进入一所常春藤联盟的大学学习。毕业后返回日本加入日本自卫队。但为追求真正的战场，他于1970年回到美国，并开始作为一名佣兵游历世界。
1972年，米勒来到哥伦比亚，为哥伦比亚反政府武装训练士兵。在一次战斗中，遭遇当时为哥伦比亚政府服务的大首领，米勒的队伍被全歼。米勒最后企图用手榴弹与大首领同归于尽，但是被其阻止。大首领钦佩其武士道精神，而米勒也认可大首领的理念与能力，最终加入“无界之师”并成为大首领的副手。
1974年，在“和平行者事件”中，米勒说服大首领接受盖尔维兹的请求，以此来扩张无界之师，并在之后辅佐大首领成功解决“和平行者事件”。在那之后，当帕兹的真实身份与Cipher的企图暴露之后，米勒向大首领道歉，其实他也与Cipher有染，但仅仅是作为商业伙伴，因为他相信佣兵派遣行业将会是冷战结束后驱动世界经济的新力量。最终大首领原谅了他。
1975年，当大首领前往营救帕兹与奇柯的同时，无界之师母基地遭遇骷髅脸率领的XOF部队袭击，基地被毁，米勒被大首领所救，侥幸得救。
在那之后的9年中，米勒在世界各处为不同组织训练士兵。1984年，米勒在阿富汗训练“圣战者”。某日，米勒与其部队遭到骷髅部队袭击，米勒以外遭到全灭。最终米勒被苏军抓获，并在折磨中失去右臂与左腿。
被大首领的替身“毒蛇”救出后，与山猫一起辅佐毒蛇建立并壮大“钻石狗”部队，并最终与毒蛇二人一起完成了对骷髅脸的复仇。
此后，米勒使用麦克唐纳·本尼迪克特·米勒这个名字，先后担任多个国家部队的教官，并最终在猎狐犬部队中于索利德·斯内克相遇。
1999年，在桑给巴尔岛叛乱中，米勒通过无线电为索利德·斯内克提供支援。而索利德·斯内克最后也在米勒的建议下，击败大首领。
2005年“影子摩西岛事件”中，米勒也从家中通过无线电提供支援。但其实此时真正的米勒已被“影子摩西岛事件”的主谋利奎德·斯内克杀死，而冒充米勒的也正是利奎德·斯内克。
原名帕西菲卡·欧西恩（Pacifica Ocean），是Cipher安插在美国中情局与苏联克格勃中的三重间谍。
帕西菲卡幼年在美国长大，在成为孤儿后被纳入Cipher的组织，并由其亲自抚养长大，因此成为唯一一名可以面见Cipher，并直接获得命令的特工。
为了与大首领取得联系，帕西菲卡以16岁哥斯达黎加高中女生帕兹·奥尔特加的身份与加尔维兹（真实身份是苏联克格勃特工扎多尔诺夫）前往无界之师。在之后的“和平行者事件”中，帕兹被扎多尔诺夫强迫用手枪打死美国中情局南美洲站长冦尔德曼，帕兹虽然无法原谅冦尔德曼对她的暴行，但最终还是无法扣下扳机。
在大首领解决“和平行者”事件后，帕兹开始了自己真正的任务。米勒决定在无界之师的成员生日派对上让帕兹演唱歌曲，但在派对前一晚，收到Cipher最后通牒的帕兹不得已只能破坏Metal Gear ZEKE的动力部件企图推迟行动，但被对自己抱有好感的少年奇柯目击。帕兹不忍心杀人灭口，只能驾驶动力部有损坏的Metal Gear ZEKE强行出击，以向美国东海岸发射核弹威胁大首领回归Cipher。之后被大首领击败，帕兹坠入太平洋中。
帕兹坠海后并未丧生，在海上漂流数日后被伯利兹的渔民救起，但最终还是被Cipher抓获并关押在古巴南部的欧米茄营地中。
1975年，骷髅脸为打探出零上校的藏身地而折磨拷问帕兹。帕兹说出零的位置试图拯救奇柯与大首领，但骷髅脸并不准备放过他们，他在帕兹腹部与子宫内各安放了一枚炸弹。在大首领营救出帕兹后，直升机上的无界之师军医从昏迷的帕兹体内取出了腹部的那个炸弹。但大首领从XOF部队的袭击中救出米勒后，帕兹告诉所有人她体内还有一个炸弹，在自己跳下直升机的瞬间炸弹爆炸，导致大首领、米勒和军医全部受到重伤。
帕兹对于Cipher的忠诚更多是出于恐惧，因为她知道违逆Cipher的下场比死亡更糟。她原本对于假扮一个十六岁少女非常不情愿，而且由于人类争斗的天性她也不相信世上会有长久的和平。但在无界之师的日子里，她逐渐开始了解大首领的理念，也从无界之师这个大家庭中感受到了真正的温暖。虽然在关键时刻帕兹总是能表现出本性中的善良，但依然无法逃出一颗任人摆布棋子的命运。
美军特种部队猎狐犬队员，是索利德·斯内克的前辈。他曾使用过的名字有弗拉克·亨特、努尔、弗兰克·耶格、机械忍者等。为了追求与索利德·斯内克战斗的快感，灰狐多次出现在战场上。
灰狐原本是一名少年士兵。从20世纪60年代开始就作为在非洲倡导反葡萄牙支配的抵抗组织——莫桑比克解放运动（FRELIMO）的少年士兵参与了莫桑比克独立战争。这个纯洁而率直（frank）的少年像一名冷酷的猎人（hunter）一样，只是用一把匕首夺取政府军士兵的生命。说着带有口音的德语的他，在战场上被称为“弗兰克·耶格（Frank Jaeger）”（在德语中意味着猎人）。
1966年，当大首领参加这场独立战争时与弗兰克·耶格相遇了，他保护着这名已经变成了战争工具的少年。虽然弗兰克应该被送进福利院，但是“哲学家”却将他绑架，为了开发出完美的士兵而将其作为“完美士兵计划”的人体实验素材。
1970年，失去了记忆的他作为一名在基恩指挥下的狐狸部队“完美士兵”参加了圣海洛尼莫半岛的叛乱，代号为“努尔（Null）”。在与大首领的战斗中，他得以恢复自己人类的本性，之后便加入了大首领创立的特种部队猎狐犬，并在那里得到了“灰狐”的称号。在罗德西亚（现在的津巴布韦）战争中，他收养了一个父亲被自己杀害而成为孤儿少女，并为她取名为内奥米·亨特。之后，两人与大首领一起回到美国，灰狐加入猎狐犬部队。灰狐一直照顾着内奥米直到她考上大学。
1995年世外天堂暴动时，灰狐接受了单独潜入世外天堂的任务，后来被敌军的雇佣兵所抓捕。后来，他虽然被索利德·斯内克救出，不过随后就失踪了。
1999年，桑给巴尔动乱中，灰狐化名为“梵（afan）”在暗中使用无线电支援索利德·斯内克，并将其招致自己身边。面对索利德·斯内克，灰狐操纵Metal Gear D与其对峙。在Metal Gear D被破坏之后，他又与斯内克在雷区中央展开赤手空拳的格斗。“一个人只要体验过战斗的紧张和快感，那么他注定一辈子都要留在战场上”，灰狐只有通过战斗才能确认自己的存在。
虽然灰狐被认为已经在雷区中被炸死，但他的肉体实际上被“爱国者”回收了。
在克拉克博士的努力之下，灰狐被强行复活，并被当成基因士兵的遗传因子治疗的实验对象。灰狐最终将克拉克博士杀害，逃出研究所之后开始追踪索利德·斯内克，并成功潜入影子摩西岛。
身穿隐身迷彩，并拥有强化骨骼的灰狐被称为机械忍者，让影子摩西岛陷入了一片混乱当中。在斩断左轮山猫的右手之后，灰狐化名为“深喉（Deep Throat）”通过无线电与索利德·斯内克保持着联络。他与索利德·斯内克在Metal Gear霸王前再次相会，虽然他的左腕被霸王切断，不过相对的，霸王的眼睛部位德尔雷达也被其破坏。最后，为帮助索利德·斯内克，灰狐被霸王踩死。
遗传因子治疗方面的专家。原猎狐犬医疗部门工作人员。作为从高科技遗传基因公司派遣来的民间小组成员，负责猎狐犬队员和基因士兵的遗传因子治疗。内奥米精通纳米计算机技术。
在2005年影子摩西岛事件中，负责索利德·斯内克身体状况等数据的监察员。她被小组成员们亲切地称为“内奥米博士”，并在遗传因子研究的同时培育蓝色玫瑰花。
在确立遗传因子目标技术之后，内奥米受DIA的委托开始开发暗杀病毒“死狐”。在向索利德·斯内克体内注射不冻蛋白质缩氨酸时，趁机注入“死狐病毒”。就这样，斯内克成为了“死狐病毒”携带者，而暗杀的目标则是成为影子摩西岛事件人质的美国国防部先进研究项目局局长、阿姆斯军工总裁和猎狐犬部队。
虽然她曾经说过自己的父亲曾在埃德加·胡佛时代担任过FBI搜查官，不过这些经历都是伪造的。内奥米·亨特是罗德西亚（津巴布韦）的孤儿，被化名为弗兰克·亨特的灰狐所救，并在大首领的帮助下与灰狐一同移居美国。在进入大学之前，她都与视为哥哥的灰狐一同生活。对害死灰狐的索利德·斯内克抱有极大的憎恨。内奥米在死狐病毒的程序里将暗杀目标设定为索利德·斯内克。计划被发现后她以叛国罪被逮捕，后被美国联邦法院投入监狱。当影子摩西岛事件结束之后，人们发现索利德·斯内克并不是死狐病毒的攻击目标。
在利奎德·山猫的帮助下，内奥米成功越狱。美国中情局将她指定为国际恐怖分子名单上最重要的通缉犯。
为了能解析整个“爱国者之子”系统以及找到侵入系统的突破口，利奎德·山猫将内奥米软禁了起来。
2014年，内奥米在南美被索利德·斯内克救出之后，说明了对方体内所发生的变化。索利德·斯内克体内的死狐病毒已经变成了变异型死狐病毒，很有可能会变成杀死所有人的大规模破坏武器。她在运输机中见到了阳阳，感到这个小女孩与自己的过去有着共通点，并作为一名孤独的科学家与哈尔·艾默里克产生了共鸣。内奥米在离开索利德·斯内克身边之前，将未完成的程序委托给阳阳。
内奥米拜托阳阳完成“活狐”的开发。在影子摩西岛上，当从阳阳那里得知“活狐”已经完成的消息之后，她做好了终结这一切的觉悟。内奥米在遗传因子研究中受到放射能的辐射而罹患癌症，并知道自己已经命不久矣。她给梵普和自己注射了纳米计算机抑制剂，于是维持梵普和内奥米生命的纳米计算机停止了运作。
为了将“活狐病毒”注入G.W中，众人冲进了“世外桃源”。内奥米所创造的“活狐病毒”不仅停止了G.W，还停止了爱国者的中枢AI——J.D，并将其成功破坏。突然，在发愣的奥塔肯面前出现了内奥米的视频，那是被设定成在确认爱国者AI网络停止运作之后就会自动播放的视频。内奥米的目的就是能够偿还由自己的研究所衍生出的罪孽，因为在爱国者AI网络的构筑中就使用了死狐病毒的遗传基因特定程序。随着爱国者对整个世界的侵蚀，内奥米感受到了罪孽的意识。当说出对赋予自己生存喜悦的哈尔·艾默里克的感谢之后，内奥米的视频也停了下来。
骷髅脸，真名未知，Cipher手下一名精英特工、杀手，之后成为XOF部队、寄生部队指挥官。
骷髅脸诞生于特兰西瓦尼亚北部的一个小村庄里，而这个小村庄之后被纳入匈牙利境内。二战期间以及其后，匈牙利先后被纳粹德国与苏联统治。因此他从童年起就不得不接受多种语言。
童年时，骷髅脸所在的村庄遭到盟军空袭，在混乱中骷髅脸被严重烧伤，奄奄一息。虽然侥幸保住性命，但是留下了严重的畸形与神经损伤，致使他无法感受到痛觉。
随后，骷髅脸成为了一名间谍大师与刺客，为了向那些使他无法再说母语的人复仇而展开杀戮。
之后，骷髅脸遇到了零，并被他任命为XOF部队指挥官，暗中确保内克德·斯内克成功完成任务。这些任务之一就是1964年的“食蛇者行动”。零命令骷髅脸暗中跟随、协助内克德·斯内克，并在任务完成后清理后事。
“食蛇者行动”之后，骷髅脸遇见了密语者（Code Talker），并获知了“声带虫”在内的多种寄生虫的存在。
1974年的“和平行者事件”后，骷髅脸与他的XOF部队接管了古巴境内的一个美国海军基地——欧米伽营地。1975年，在骷髅脸得知Cipher的间谍帕兹在“和平行者事件”中生还后，将她抓到欧米伽营地中并进行残忍的拷问与折磨，试图从她那里得知零的藏身之处。在帕兹说出零的藏身处后，骷髅脸在她体内塞进两个炸弹，因为他知道大首领一定会来营救她，以此可以杀死对方。随后，骷髅脸带领XOF部队，伪装成国际原子能机构的检察团，突袭无界之师的母基地并将其摧毁。
骷髅脸通过从帕兹处获得的情报，成功实施对零的刺杀，使零感染寄生虫，身体每况愈下。但同时，骷髅脸自己也付出了感染多种寄生虫的代价。
此后，骷髅脸同时强迫密语者在安哥拉加紧声带虫的研究，以及让休伊·艾默里克在阿富汗完成Metal Gear类人猿的开发。他企图用声带虫消灭英语，削弱美国的霸权统治，同时向全世界的国家、军事组织扩散核武器以及Metal Gear，让世界处于“核饱和”状态，使核武器仅仅作为一种“抑制力”，而声带虫则将成为唯一可用的大规模杀伤性武器。
但是1984年，骷髅脸的计划最后由于Metal Gear类人猿的暴走而失败。在毒蛇（Venom Snake）击败Metal Gear类人猿后，毒蛇与米勒一起，打断了骷髅脸的左腿与右臂，让他也感受一下失去肢体的痛处，完成复仇。两人本计划让奄奄一息的骷髅脸在痛苦中自生自灭，但是休伊·艾默里克马上补枪终结了他的生命。
骷髅脸虽然也号称使用声带虫与Metal Gear来实现引领者“世界大同”的意志，但根本上还是出于自己童年遭遇造成的仇恨与野心。
