第一次世界大战结束

同盟国（德国、奥匈、土耳其、保加利亚）和协约国（英国、法国、俄国、意大利）进行的世界大战，简称一战，约有6500万人参战，1000万人丧生，2000万人受伤。1918年，这场战争以协约国的胜利告终。

同年，弗拉基米尔·列宁在俄国建立了秘密情报机构格勒乌（GRU）。

哲学家组织建立

一战之后，美国、苏联、中国三大国最富有、最有权力的人——他们被称为智者议会（ Wisemen's Committee），建立了秘密组织：哲学家（The Philosophers）。这些人拥有广泛的社会触角和近乎无限的资源，哲学家组织希望借助他们庞大的资源影响世界局势，让类似一战的大规模全球冲突不再重演。在成立后，哲学家的势力迅速增长，很快成为他们各自的国家政府背后的绝对权力。

引领者出生

哲学家组织高级成员，智者议会成员的女儿引领者（The Boss）出生。

这个女子会成为美国乃至世界历史中的一位幕后的关键人物。

第二次世界大战开始

1939年9月1日，德国集中强大兵力，对波兰发动“闪电战”，第二次世界大战全面爆发。

在二战期间，哲学家的成员收集了大量资源、金钱，总金额超过1000亿美元（大概相当于今天的1万6000亿美元左右）,意在发展新型战争手段：如核武器、眼镜蛇部队等，以终结战争。这笔巨额资产被称为“哲学家的遗产”（Pthe Philosophers' Legacy），而各国的哲学家组织则达成协议，在击败轴心国后，把这笔巨款返还各国。唯一取得这笔巨款的方式是一套微型胶片——胶片里储存着这些资金在各个银行的交易记录。然而，二战结束后，哲学家的遗产——即微型胶卷却被负责为哲学家洗钱的苏联军官鲍里斯·沃尔金（Boris Volgin）窃取。

卡廷惨案

第二次世界大战期间苏联秘密警察机关在苏共中央的批准下，于1940年4月至5月间对被俘的波兰战俘、知识分子、警察及其他公务员进行的大屠杀,共杀死2.2万人。因为4421人在卡廷森林被处决，故名卡廷事件。

窃取哲学家遗产的鲍里斯·沃尔金的儿子，时任苏联内务部内卫部队军官的叶夫根尼·鲍里索维奇·沃尔金（Yevgeny Borisovitch Volgin）上校参与了这场惨案。他的惯用手法是，将囚徒的眼罩掀开，再殴打致死。沃尔金还参与过1953年的东德反乱镇压和1956年的匈牙利动乱镇压，其本人曾不无得意地表示，他“处理”过超过10万人。

鲍里斯·沃尔金去世后，哲学家的遗产被其子叶夫根尼·鲍里索维奇·沃尔金继承。

曼哈顿计划启动 · 眼镜蛇部队成军

二战期间，引领者创建了秘密特殊部队眼镜蛇部队。这支部队集合了联合国军最优秀的士兵，并由引领者亲自编成和训练。眼镜蛇部队所负责的任务一般绝对保密，在死前，该部队成员会用身上装备的小型炸弹进行自爆，以避免泄露秘密。在部队中，代号为苦痛者（The Pain）、恐惧者（The Fear）、末日者（The End）、狂怒者（The Fury）、悲哀者（The Sorrow）几位成员对引领者怀有特殊的情感，后来再次集结到她的身边。引领者本人则代号“欢乐”（The Joy），意为在战场上寻找到无上的欢乐。

同年，开发原子弹的工程曼哈顿计划在美国启动。

盟军进行诺曼底登陆行动

20世纪最大的登陆战役，盟军调集288万部队，横渡英吉利海峡，让英美军队重返欧洲战场。

由于眼镜蛇部队破坏了德军的V2导弹，在诺曼底登陆中发生了重要作用。引领者和悲哀者者的孩子山猫（Ocelot）在也在这场登陆战役中诞生，并在引领者的腹部留下一道蛇形的疤痕。

三一弹试爆，日本遭受原子弹轰炸 & 修依·艾默里克出生

第一颗原子弹——三一弹在美国试爆成功。同年，美国在日本投下两颗原子弹——小男孩、胖子。

同年，修依·艾默里克出生。他的父亲参与过曼哈顿计划，他则出生就双腿残疾。后来，他成为一名双足步行兵器的开发者。

CIA成立 · 眼镜蛇部队解散

美国中央情报局（CIA）成立。同年，在二战中功勋卓著的部队“眼镜蛇”，在哲学家组织因为争夺哲学家遗产导致的紧张分裂态势下解散。

朝鲜战争爆发 · 引领者与大首领相遇

1950年6月25日，朝鲜进攻韩国，朝鲜战争爆发。以美国为首的联合国军在当年9月15日从仁川登陆，帮助韩国进行反攻。10月25日，中国人民志愿军赴朝，与朝鲜并肩作战。

一个15岁的少年约翰（John）参与了朝鲜战争，而他将成为美国历史上最优秀的战士：大首领（Big Boss）。同样在这一年，约翰结识了传奇英雄引领者，并向引领者学习战斗、谍报、生存等多种技能超过10年以上，二人的关系和羁绊已经超越简单的师徒。二人一起创立了CQC近身格斗术。

美国进行内华达州核爆实验 · 引领者暴露于大量核辐射

1950年，美国总统杜鲁门签署命令，宣布在内华达州的内利斯空军靶场建立内华达国家安全区。

1951年1月27日，内华达国家安全区在弗伦奇曼平底进行了第一次核试验，爆炸当量相当于1000吨TNT。

1951年11月1日，引领者参与内华达州核爆实验，暴露在大量核辐射下，失去了生育的能力。

美国试爆第一枚氢弹 · 大首领暴露于大量辐射

美国在比基尼环礁上试爆了第一枚氢弹。约翰，即后来的大首领也被牵扯其中。他当时的朋友都因核辐射染上白血病、甲状腺癌等致命疾病，或直接死于辐射，但大首领并没有染上这类病症。尽管如此，大首领还是和他的导师引领者一样，在核辐射下失去了自然生殖的能力。

美政府实行“水星计划” · 奇爱博士结识引领者

美国在1959年开始载人航天计划“水星计划”。尽管官方历史记载美国航天第一任是1961年5月5日进入太空的艾伦·B·谢泼德，但事实上，第一位进入太空的美国人是引领者，她在“水星计划”中扮演了重要角色，并在1961年4月进入太空，1961年4月12日返回地球。再入大气层时，引领者被宇宙辐射和再入大气层产生的热量严重灼伤，进入了长达6个月的严重昏迷。在太空俯瞰地球的震撼景象，让引领者深信世界应该团结一心，而非分阵营对立。

在水星计划中，引领者结识了水星计划科研人员奇爱博士，奇爱博士对引领者产生了深深的感情。

古巴导弹危机

1962年，苏联在古巴秘密部署导弹，并被美国发现。肯尼迪总统大为震怒，宣布封锁古巴，要求苏联撤回已经部署的导弹设施。1962年，10月24日，美国出动90艘军舰，封锁了古巴海峡，所有导弹部队均处于高度戒备状态，全球性的核战争一触即发。最终，赫鲁晓夫同意撤回部署在古巴的导弹设施。

而事实上，赫鲁晓夫同意妥协的不为人知的重要原因，在于肯尼迪同意将逃往至美国的武器开发专家斯特潘诺维奇·索科洛夫遣返至苏联。被遣返回苏联后，这位武器专家被直接送到秘密设计局OKB-754。

肯尼迪遇刺身亡 · 小岛秀夫出生

美国总统肯尼迪遇刺，其原因在于哲学家组织不满肯尼迪在猪湾事件中的表现，将其刺杀。

同年，日本人小岛秀夫出生。有传言他与哲学家、引领者、大首领均有神秘的关系，有人甚至认为这个出生晚于哲学家建立的日本人其实是一切的幕后黑手。实际联系至今亦不明朗，尚需进一步调查确认。

贞洁行动失败

美国政府则派出FOX部队——零少校（Major Zero）和引领者建立的CIA秘密行动小组，希望将遣返回美国的武器专家斯特潘诺维奇·索科洛夫再次营救回美国，这次任务的代号即为“贞洁行动”（Virtuous Mission）。约翰（John）,任务代号裸蛇（Naked Snake），FOX部队的第一个探员，被派往苏联丛林带回索科洛夫。

任务进行到一半，原本应是任务支援的引领者却向苏联变节，阻止了整个行动。引领者集结了眼镜蛇部队的一帮原成员，伙同苏联军官，哲学家遗产的拥有者沃尔金，将裸蛇打下吊桥，带走了索科洛夫。引领者将一枚微型核弹头作为见面礼送给了沃尔金，沃尔金则在苏联领土用这枚核弹打击了秘密设计局OKB-754。这枚美国核弹在苏联的引爆，导致美国的非法入侵被苏联指责，核大战危机再次一触即发。当然，贞洁行动也以失败告终。

在贞洁行动中，裸蛇完成了历史首次HALO降落——从高空跳下，并在低空打开降落伞。

苏联军官沃尔金意外遭受雷击

为了抹杀变节者引领者,食蛇者行动展开。裸蛇乘坐单人驾驶式飞机，再次侵入苏联境内。在任务中，他得到了伊娃（Eva）的帮助，她表面上是一个前美国国安局间谍，其实是哲学家和某大国的双重间谍，裸蛇也遭遇了年轻的俄国格勒乌军官左轮山猫，与他数次交手，并在他的枪下失去了右眼，戴上眼罩。在重重的困难之中，裸蛇一一击败了前眼镜蛇部队的成员，并击毁了核搭载战车峡谷虎（Shagohod）。在追逐裸蛇的过程中，沃尔金遭雷劈，疑似死亡。

引领者在苏联境内逝世

在食蛇者行动的最后，引领者和大首领在一片花海之中展开命定的师徒之战。引领者吐露了自己的梦想，希望世界不要在冷战的阴云下割裂，而应该再次团结一心。大首领只有10分钟击败自己的导师，在时间结束之时，他们的所在地会遭到轰炸。大首领最终打败了自己的导师，在生命的最后时刻，引领者把记载着哲学家遗产交易记录的微缩胶片交给了大首领，并要求大首领杀死自己。枪响，白色的花海一片血红。

美国总统授予战斗英雄约翰大首领称号

由于成功击杀了引领者，裸蛇约翰被美国总统授予大首领的荣誉称号。但随后，他也了解到关于食蛇者行动的真相。引领者其实秘密为美国政府工作。沃尔金从他父亲手中继承了哲学家的遗产，而引领者变节的目的是接近沃尔金，拿回哲学家的遗产，但因为沃尔金意料之外地发射核弹，她的任务变了:她需要死在裸蛇手里，永远作为一个叛徒为世人所知，从而给愤怒的苏联一个交代，引领者也接受了这一任务的变化，最终死在自己门徒手中，并把哲学家遗产交给了美国。裸蛇对美国政府幻想破灭，他拒绝承认大首领的称号，并退出了FOX部队。引领者交给大首领的哲学家遗产只有一半，这一半遗产落入CIA之手，然而CIA的中央情报总监并未上报，只是留在自己的手中。

阿帕网诞生

美国高级研究计划署组建了计算机网络：高级研究计划代理网络（Advanced Research Projects Agency Network），简称阿帕网。在阿帕网基础上，现代的互联网逐渐发展而来。信息串流和分享方式的革命给“爱国者”AI后来利用信息统治世界提供了技术基础。

事实上，后来的“爱国者”组织的创始人之一希金特也参与了阿帕网的开发，并在此后不久升任美国国防部高级研究计划局（DARPA）的局长。

“爱国者”诞生

山猫刺杀了CIA的中央情报总监，取得了哲学家遗产。在哲学家遗产的基础上，大首领、零上校、左轮山猫，和两位参加了食蛇者行动的FOX前成员：空降护理和希金特建立了“爱国者”（The Patriots）组织。爱国者组织实际上是哲学家美国分部的重组。其建立目的是为了实现引领者关于世界大同的梦想。零把这个梦想解读为“没有边界的世界（World Without Borders）”，在一个规则下团结起整个世界。所以零大肆宣扬大首领的传奇，作为一种宣传控制的手段。斯内克相信零是为了自己的利益歪曲了引领者的心愿。

美政府启动“魔童计划”

美国政府开始进行魔童计划（Les Enfants Terribles，法语，糟糕的，可怕的孩子，来自50年代同名电影）。该计划意图制造出传奇战士大首领的克隆体。该计划的幕后资助人是零，克拉克博士带头进行。零的意图不仅是要造出最强的战士，更是要保证如果和大首领分道扬镳，可以制造出另一个可以加以利用的偶像。克拉克博士参与过贞洁行动和食蛇者行动，当时代号空降护理（Para-Medic）。

双蛇诞生

伊娃作为代孕母亲，魔童计划的成果——双蛇诞生。继承较优秀显性基因的孩子，就是后来被叫做利奎德·斯内克（Liquid Snake，液体蛇），而继承较劣质隐性基因的孩子，就是后来的索立德·斯内克（Solid Snake，固体蛇）。后来，继承了完美而平衡的基因的第三个克隆体，索利达斯·斯内克（Solidus Snake）诞生，即日后的美国总统乔治·希尔斯（George Sears）。

魔童计划并没有事先知会大首领，大首领为零私下进行这一计划感到愤怒。由于和零不可弥合的理念分歧，同年，大首领离开爱国者，与零分道扬镳。

和平行者事件 · AI核武器“和平行者”被毁

某一天，自称是和平大学教授的盖尔维兹与他的学生帕兹（Paz）来到无界之师的驻地，请求大首领前往哥斯达黎加调查一支神秘的武装部队，并许以一个人造浮岛基地，但是遭到了拒绝。最终由于一卷录有引领者声音的录音带，大首领答应了真实身份是为克格勃工作的盖尔维兹。

大首领之后在哥斯达黎加当地游击队桑地诺民族解放阵线（FSLN）的帮助下，发现神秘部队受美国中情局（CIA）指挥，将由AI控制的核武器运入哥斯达黎加。其中有一台搭载了引领者的AI——和平行者，也正是录音带中声音的来源。而这一切都是CIA中美洲站长冦尔德曼（Coldman）为了夺回自己在CIA中的地位，而计划令美苏再次陷入核危机之中。在冦尔德曼死在盖尔维兹（真名扎德尔诺夫）枪下之前，启动了和平行者的核弹发射指令。大首领在与和平行者一番激战之后，引领者的AI控制和平行者自己沉入湖中，再次给了世界一个和平的机会。

和平行者事件 · 三重间谍帕兹坠海失踪

帕兹的真实身份是一名Cipher（零）的间谍。在“和平行者事件”后，回到无界之师的她开始了真正的任务。在试图破坏Metal Gear ZEKE的动力部时被奇科目击，不得已提前行动。帕兹表明Cipher希望大首领重新回到“爱国者”组织并以向美国东部发射核弹相威胁，但遭到拒绝，只能驾驶Metal Gear ZEKE与大首领开战，后被大首领击败，坠入太平洋中。

和平行者事件 · 雇佣兵团无界之师崛起

通过“和平行者事件”，无界之师获得了“母基地”（Mother Base）作为基地，又说得了不少CIA与苏联的佣兵与人才，无论是兵力还是装备，都已经匹敌一个小国的军事实力，并且开始对外派遣佣兵，已可以称为民间军事企业。从和平行者上回收核弹头并自行开发了Metal Gear ZEKE后，无界之师已经成为“世界第七个核武器保有国”。

在击败帕兹再次粉碎Cipher的企图后，大首领发布了无界之师崛起宣言：“我们没有国家，没有信仰，没有意识形态。哪里需要我们我们就去哪里，不为国家，不为政府，我们为自己而战。我们战斗不需要理由，仅仅因为有人需要我们。我们会是那些无助者们的威慑力！我们是没有国界的士兵，我们的目标由我们所处的时代所决定！”

《自私的基因》发表 · 海上雇佣兵基地“母基地”被毁

修依坚持无界之师（MSF）应该向全世界证明自己的干净清白，于是MSF决定接受相关检查。在检查之夜，米勒和斯内克得到消息，帕兹活下来了，被关在欧米茄（OMEGA）营地——一个美国设在古巴的秘密据点。同时，小男孩奇科也被关在那里。帕兹和奇科都知道合金装备ZEKE，大首领必须在他们泄露信息前救回他们。

大首领侵入基地成功解救二人，返回时却发现母基地被攻击了，攻击者Cipher旗下的部队XOF，被骷髅脸领导。在一片混乱中大首领找到米勒，二人乘直升机逃走，母基地则毁于一片火海。但同时乘机的帕兹体内还有一枚炸弹。在帕兹跳下飞机的一刻，炸弹爆炸，大首领陷入长达9年的昏迷。此次袭击并非零的意思，是XOF的擅自行动。该事件后，零少校本人则被骷髅脸用诡计在体内植入了寄生虫，身体一日不如一日，后来更是被寄生虫引发的脑损伤所折磨。

同年，美国科学作家理查德·道金斯发表著名文章《自私的基因》，首次使用模因（meme）一词，指“在诸如语言、观念、信仰、行为方式等的传递过程中与基因（gene）在生物进化过程中所起的作用相类似的那个东西。”后爱国者的“民智选择计划”和该理念有莫大关系。

两伊战争爆发 & 哈尔·艾默里克出生

两伊战争，又称第一次波斯湾战争爆发。

同年，苏联入侵阿富汗，新冷战爆发。

弗兰克·耶格在罗得西亚内战中，收养了成为孤儿的内奥米（Naomi）。

V has come to

零少校为了保护大首领的安全，把大首领转移到塞浦路斯的一家医院治疗，并把大首领身边的医疗兵整形为大首领的模样，作为大首领的替身以保护大首领，代号毒蛇（Venom Snake），最后还委托山猫秘密保护大首领。大首领先于他的替身苏醒，并保护他的替身在骷髅脸的追杀下逃离医院。表达大首领苏醒的暗号即为“V has come to”。之后，大首领去建设他的军事国家，真正的“世外天堂”。毒蛇则在米勒和山猫的支持下经营壮大名为“钻石狗”的雇佣兵军队。

幻影复仇

大首领的替身完成了对骷髅脸的复仇。骷髅脸研发了能携带核武器的新型合金装备：类人猿（Sahelanthropus），意图借此进入危险的核平衡。同时他强令密语者研制了一种声带寄生虫，它们寄生入人体后，如果暴露在一种特定的声音下，就会大量繁殖，杀死宿主的肺部。这种特定声音，就是某种特定的语言，即这种寄生虫能杀死说特定语言的宿主，以达到清除这种语言的目的。骷髅脸阴谋计划利用这种寄生虫杀死所有英语使用者，消灭世界通用语，让世界归于混乱和“自由”。大首领的幻影击败了骷髅脸，粉碎了他的阴谋。在过程中，大首领的幻影也遭遇了童年的魔童计划产物：利奎德·斯内克和原本奉命杀死“大首领”，最后为了却救了他的命的狙击手“安静”（静静，Quiet）。

安静地离开

静静是Cipher安插到毒蛇身边的卧底，在医院的刺杀行动中她全身烧伤，在寄生虫疗法的帮助下幸存。她身上携带着英语种类的寄生虫，作为后备方案，把寄生虫传播到钻石狗部队和全世界。但静静怀抱着对毒蛇的特殊感情，一直闭口不言。直到静静被苏联军队抓取，毒蛇为了救她而陷入生命危险后，静静才迫不得已开口，指引直升机方向营救毒蛇。这导致了寄生虫在静静体内的爆发繁殖，静静也在开口后选择了离开。

而利奎德·斯内克也在少年心理螳螂的帮助下，带着类人猿和少年士兵最终离开了钻石狗，并继续秉持着向“父亲”：大首领复仇的欲念。

“世外天堂”建立

80年代后期，具体年份未明，大首领利用雇佣兵时代积攒的财富扩张他的武装力量，并在南美建立了一个独立的国家：“世外天堂（Outer Heaven）”。在这个国家内，大首领建立了一个巨大的堡垒，作为他的雇佣兵公司的基地。世外天堂是大首领个人信念的产物，它一度成为了幻想破灭的士兵们的避难所，他们在世外天堂不必被当做政府的爪牙利用，也不会被社会抛弃。为了增强世外天堂的军事力量，大首领准备了TX-55型合金装备（TX-55 Metal Gear），一台两足战车，能在世界上任何一个地方直接发射核弹。

利比里亚内战爆发 · 雷电参加利比里亚内战

1989年，利比里亚全国爱国阵线打回国内，利比里亚战争由此爆发。

杰克，代号雷电（Raiden）作为少年士兵参与了这场战争。索利达斯·斯内克杀死雷电的双亲后，作为教父收养了雷电，而雷电则一直被他当做战士训练培养，在战争中杀人无数，被称为“白恶魔”和“开膛手杰克”。

海湾战争爆发，苏联解体 · 索立德·斯内克加入猎狐犬部队

美国为首的多国部队于1991年1月17日对伊拉克开展的战争，目的是恢复科威特的领土。索立德·斯内克和利奎德·斯内克作为特种部队的成员都参加了这场战争。

在这场战争中，美军向士兵注射研究大首领时得到的“战斗基因”，引发了群体性的副作用。士兵们感觉肌肉疼痛、长期疲乏、失眠、丧失记忆、头晕、情绪低落、身体消瘦以及性功能减退，这些症状被统称为“海湾战争综合症”，被媒体广泛报道，但公众并不知道真正的原因。

同年，索立德·斯内克加入了猎狐犬部队。戈尔巴乔夫卸任苏共中央总书记一职，苏联正式宣告解体，冷战结束。

索立德·斯内克突袭世外天堂

美国得知了世外天堂的存在，也得知了军事基地里有秘密大规模杀伤性武器TX-55型合金装备。此时大首领还是猎狐犬部队的指挥官，他和世外天堂的关系还不为人知。美政府决定让大首领和他的猎狐犬部队去解决危机。大首领派出了自己的儿子，索立德·斯内克(Solid 斯内克,固体蛇，那时还不知道自己是大首领的克隆儿子)去完成这个任务，但给了他一系列错误线索，让他进入一系列陷阱，不过SS都一一克服。斯内克救出了之前执行任务失败被困的灰狐，并最终打败了大首领——但事实上，这个被杀死的“大首领”是1984年被整形成大首领模样的幻影——毒蛇。之后，北约对世外天堂进行了地毯式轰炸。

克隆羊多利诞生 · 能源科学家马弗博士被绑架杀害

面对燃油极速消耗的世界性难题，基奥·马弗（Kio Marv)博士提出了一个解决方案：OILIX，一种综合燃料资源，可以解决潜在的全球危机。也因为此，他被一支叫桑给巴尔岛(Zanzibar Land)的武装力量绑架。罗伊·坎贝尔, 猎狐犬部队的现任头领，再次把已经退休的索立德·斯内克送上战场,营救博士。

在任务过程中，斯内克发现了很多冲击性的事实:灰狐已经成为了他的敌人，大首领还活着（实则因为之前杀死的其实是大首领的幻影替身），此外——还有另外一台合金装备。马弗博士已经被折磨致死，OILIX的方程式落入灰狐之手。索立德·斯内克打败了灰狐和真正的大首领。离开后，索立德·斯内克隐居在阿拉斯加。爱国者收回了大首领的遗体，利用纳米机器让大首领进入昏迷，其遗体一直被零上校保存。

同年，公众所知的第一个生物克隆体——克隆羊多利诞生。

911事件爆发

2001年9月11日上午，两架被恐怖分子劫持的民航客机分别撞向美国纽约世界贸易中心一号楼和世界贸易中心二号楼，两座建筑在遭到攻击后相继倒塌，世界贸易中心其余5座建筑物也受震而坍塌损毁；9时许，另一架被劫持的客机撞向位于美国华盛顿的美国国防部五角大楼，五角大楼局部结构损坏并坍塌。

影子摩西岛事件 · 猎狐犬发动叛乱

猎狐犬部队在影子摩西岛发动了叛乱，其时猎狐犬的指挥官是大首领的另一个克隆体——利奎德·斯内克。影子摩西岛存放着核武器和合金装备霸王（METAL GEAR REX）。利奎德·斯内克，左轮山猫，和其他猎狐犬部队的队友要求政府交出大首领的遗体和10亿美金，不然就要发射核弹。利奎德·斯内克的目的在于，通过大首领的遗体治疗手下基因士兵的怪病，并在影子摩西岛重现大首领的“世外天堂”。

影子摩西岛事件 · 索立德·斯内克孤身潜入影子摩西岛

罗伊·坎贝尔再次把再次退休的索立德·斯内克拽上战场，去解救影子摩西岛的一些重要人物，然而，任务过程中，这些人全都死于死狐（FOXDIE）病毒引发的心脏病突发，而病毒是内奥米（Naomi）博士在任务前秘密注射进斯内克体内的。斯内克得知灰狐不仅没死，还被改造成了机械忍者。灰狐斩掉了左轮山猫的一只手。斯内克也在任务中遇到了坎贝尔上校的女儿梅丽尔（Meryl），和霸王的设计者哈尔·艾默里奇（修依博士的儿子），他们帮助了斯内克完成任务。

影子摩西岛事件 · 利奎德·斯内克死于死狐病毒

击败猎狐犬部队的几位成员后，索立德·斯内克得以面对他的兄弟利奎德·斯内克和合金装备“霸王”（Metal Gear Rex）。灰狐牺牲自己，给索立德·斯内克足够的时间摧毁了霸王。最终，索立德·斯内克和利奎德·斯内克近身决战，击败利奎德后，索立德·斯内克和梅丽尔一起逃出生天。利奎德不依不挠继续追逐，但最终还是死于死狐病毒。

而这一切的幕后黑手是时任的美国总统，这一切都是美国政府的阴谋，让斯内克带着死狐病毒进入基地，以杀死利奎德·斯内克等人。

当时的美国总统就是索利达斯·斯内克，总统时用名乔治·希尔斯。同年，他卸任美国总统一职。

“慈善组织”建立

影子摩西岛事件之后，索立德·斯内克和奥塔肯建立了名为“慈善组织”的反合金装备非政府组织。这一组织尝试揭露关于影子摩西岛和“霸王”的真相，并呼吁世界停止建造合金装备。

曼哈顿油轮沉没事件

曼哈顿油轮事件，简称油轮事件。美国海军开发了两栖反合金装备武器“海魔鬼”（Metal Gear Ray），用一艘伪装的油轮途径纽约港运送。索立德·斯内克潜入了这艘油轮，试图拍照向世人揭露“海魔鬼”的存在和真相，呼吁停止建造合金装备。在他潜入的同时，格鲁科维奇上校也带领一队俄国士兵，准备夺去海魔鬼。正当斯内克拍摄过照片准备离开时，左轮山猫现身，杀死了格鲁科维奇上校，奉爱国者之命开走了海魔鬼，油轮被海魔鬼撕裂沉没。爱国者将这一切罪责均栽赃在索立德·斯内克身上。

巨壳占据事件 · “自由之子”劫持美国总统

油轮在纽约港沉没后引发了大量环境污染，美国海军趁此机会，在这里建立了建造“玄武”（Arsenal Gear）的设施——巨壳（Big Shell）。玄武是一艘可潜水的巨大堡垒，为了爱国者的信息控制目的而建。一伙自称“自由之子”的恐怖分子劫持了巨壳，并控制了正在检查巨壳的美国总统詹姆斯·约翰逊。“自由之子”由美国前总统乔治·希尔斯，即索利达斯·斯内克带领，目的是获取“玄武”，并由此获取“爱国者”成员的名单。雷电（Raiden）作为一位没有任何经验的新兵，潜入巨壳营救美国总统。

巨壳占据事件 & 美国前总统乔治·希尔斯去世

雷电出色地一路战胜了“自由之子”的各个成员，并发现了关于巨壳建造“玄武”的真相。“玄武”守护着爱国者精心建造的大型AI：GW。事实上，在大首领离开后，零对一切失去信任，相信下一代不会明白他的意志，便建造了AI来继续爱国者的统治。爱国者的AI共分为5大部分，中枢JD，和4个分管AI：GW、AL、TR和TJ，它们统治着世界一切经济、信息、军事的运行。左轮山猫伪装成被利奎德·斯内克的右手操纵的样子，将玄武导引向曼哈顿，引发了一场大碰撞。在那里，雷电和索利达斯·斯内克决斗，并取得了胜利。

巨壳占据事件 · 民智选择计划宣告成功

雷电潜入巨壳的一切，其实都在爱国者的控制之下。爱国者试图用GW建立一个通过情报信息控制来控制人类意志的系统，目标是实现“民智选择”，为达成社会思想上的健全化而进行选择。雷电潜入巨壳其实是对“影子摩西岛事件”的重演，为了测试GW能否在极限状态下发挥作用，控制雷电的行为。而随着雷电杀死索利达斯·斯内克，民智选择计划也宣告成功。在巨壳事件之后，GW这一AI就被爱国者废弃，并在后来被左轮山猫（液体山猫）重组利用。

美国开始积极使用PMC

PMC是民间军事雇用企业的简称，指经营军事业务的法人企业。以玄武撞击曼哈顿事件为契机，美国开始积极使用PMC。由此，PMC在战争中的作用逐渐重要，并引发了一种新的经济模式：战争经济。到2014年，世界已形成5大PMC公司，美国2家，英国1家，法国1家，俄罗斯1家。而这些公司，都属于山猫控制的“世外天堂”。

“爱国者之枪”事件 & 索立德·斯内克刺杀左轮失败

为了阻止世界在战争经济中越陷越深，罗伊·坎贝尔再次请斯内克出山，刺杀领导PMC的，貌似已经被利奎德·斯内克彻底侵占意识的左轮山猫（现在被称为利奎德·山猫）。而诞生于魔童计划的斯内克，寿命被设定的极其短暂，此时已经急速衰老，呈现老人的模样，被称为老蛇（Old Snake)。在中东，斯内克和梅丽尔的小队一起行动，找到了山猫，但山猫启动了某种设备，所有体内有纳米机器士兵都陷入癫狂，斯内克本人也无奈倒地，并没有成功地刺杀他。

“爱国者之枪”事件 · 爱国者AI系统覆灭

之后斯内克来到欧洲，找到了引他来此的伊娃，以及大首领的遗体。然而左轮的军队也追上了伊娃和斯内克，在和左轮部队的追逐战斗中伊娃死去，斯内克重伤，大首领的遗体则焚毁。左轮利用大首领的基因骗过了爱国者的AI网络，夺去了控制全世界武器枪械的“爱国者之子”系统。逃往影子摩西岛偷取了合金装备霸王的核弹头，去毁灭爱国者的中枢AI：JD。在最后的努力中，斯内克和他的战友们进入了左轮的海上基地：“玄武”级战舰，那里承载着被左轮重新利用的GW系统，左轮的阴谋是毁灭JD后，用GW取代JD，从而控制全世界。斯内克破坏了左轮的行动，向GW上传了活狐病毒。“活狐”以GW为跳板，摧毁了所有爱国者AI，世界被从爱国者的统治下解放出来。

大首领死于死狐病毒

一切结束后，斯内克去拜访引领者的坟墓。当爱国者AI离线后，大首领就从长年的昏迷中醒来。事实上，在欧洲被焚毁的尸体属于索利达斯·斯内克，而左轮被山猫的手侵占意志只是一出戏，目的是不让爱国者发现他真正的目的：唤醒大首领，找出零的位置。在引领者的墓前，大首领切断了垂垂老矣失去意识的零的生命维持设备，一场百年战争就此终结。随后，他和他的儿子——索立德·斯内克度过了一段难得的平静时光。因为和斯内克的接触，大首领感染了死狐病毒，并最终因此结束了生命。