《潜龙谍影》系列的首部作品，高科技部队“FOXHOUND”突然起义并占据了废弃的核武器研究所，他们 要求交付美国政府Big Boss的遗体和一亿美元的赎金，否则就会发射核弹。为了解决此次危机，索利德斯内克将再次出马，潜入敌境。