这款游戏的玩法十分类似《魔法宝石》和《动物管理员》，游戏的规则相当简单，玩家所要做的就是将4个以上相同的口袋妖怪在横向或纵向上排成一排，这样就能将其消去。虽然玩家只须用有触控笔点击和滑动即可，但连锁消去的操作技巧却能够大大提升游戏的乐趣。无论是从画面风格还是游戏玩法来看，本作都属于《口袋妖怪》大家族中的异类分子，游戏中不仅收录了系列迄今为止所出现的全部380种口袋妖怪，更可以与随后发售的《口袋妖怪 不可思议的迷宫》进行交叉通信！