本作流程的进行方式为“任务委托式”，而新引入的“异世界探索”则要求玩家在限定的时间内对整个异世界进行探索并触发剧情事件。“调合系统”仍然是本作的核心，除了在游戏中的5个异世界中与敌人战斗外，完成任务后获得的奖励也成为了本作收集材料的另一途径，并且不断地调合出新道具还能提升伊莉丝的“调合等级”，之后在异世界中寻找物体并使新出现的“调合想法”转化为全新的配方也让玩家对探索充满热情。另外利用玛娜精灵进行转职也是本作对战斗系统的一次全新尝试。