《孤岛危机》故事发生在未来，一家外星人的太空飞船在荒岛坠落，玩家扮演的特种部队则负责进行搜索和撤离任务。主角拥有一件被称为生化纳米服的装备，能够使用多种未来的武器，拥有强大的单人作战能力。