本作是《苏菲的炼金工房 ~不可思议书的炼金术士~》的续篇故事。苏菲离开故乡「基尔亨·贝尔」，与伙伴普拉芙妲一同踏上旅途，途中发现一株与普拉芙妲梦中完全一样的大树。正当两人靠近想要详细调查之际，一股不可思议的漩涡将两人吸了进去。新的冒险就此展开。