本作的时间背景设定在前作《雷顿教授与魔神之笛》故事结束一年之后，雷顿教授与助手路克再次挑战重重谜题。这一次的事件是发生在赌城“蒙特多尔”，一名使用“奇迹的面具”制造恐怖的神秘人物登场并掀起了新的波澜。除此之外，雷顿教授的老对手迪斯克也将在本作登场。