如同《闪电十一人3》一般，此次《闪电十一人GO银河》作为GO系列的第三作也将舞台搬向了世界…本来应该是这样的，然而宇宙飞船上突然出现的神秘男子改变了一切的走向，为了拯救地球的命运，天马一行人组成了“地球十一人”参加距离地球18万8千光年以外的银河举行的“银河选拔赛”，新的足球冒险又开始了。